到了明末的时候，蒙古早就已经分裂倒退，以族姓为代表的部落制度，重新占据了统治地位，内部斗争和分裂加重。
差不多就是蒙古失去了中原集权，回到了部落割据时代。
后来建州女真对蒙古右翼分化拉拢，逐个击破，科尔沁部土谢汗表示顺从后，皇太极趁势派大臣与科尔沁十旗会盟，议定和颁布了有关出征、驿递及审桉等方面的事务，这是清廷主导下的正式会盟，这次会盟还规定了会盟时间、地点及职责等。
随着后来建州军事上的节节胜利，越来越多漠南蒙古各部归附满清，他们对蒙古的控制也加强。
到了后面，满清对蒙古诸部进行迁移、打散等方式，把一些大部落迁分成许多小部落，甚至由几个不同部落的小部落组成一个旗，然后再由不同部落的旗，组成一个盟。
入关前，定下三处会盟，每三年一次，入关后，又增加三处，形成六盟。
每次会盟派大臣主持，而各盟、旗，都由清廷册封盟长、旗长札萨克等，又实行联姻制度，宣扬满蒙一体。
满清的这个盟旗制度推行的很顺利，关键一是会盟有蒙古传统的基础，二来是满清保障了蒙古部落王公贵族们的利益，特别是通过上层的联姻，让蒙古也成功进入了统治阶级。
而其旗的编制本身，也适合蒙古部落的游牧特点。
在明末清初，蒙古内战不斗，特别是林丹汗意图武力强行征服诸部，恢复蒙古大汗中央集权的那一套方式，引的诸部不满，而夹在明清战争中，蒙古诸部也大受损失，最终被女真半打半拉的招抚，也是理所当然了。
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