土司制度的由来，可以追溯到元朝时期，元朝在少数民族地区，设置土司官职，且可以世袭。
这种做法和元朝以前的羁縻政策相似，因此，土司制度也是在羁縻政策上演变而来的，但也发生了改变，变得更加完善。
到明朝时期，西南等地，少数民族众多，土司制度盛行。
土司制度让少数民族获得一定的自治，拥有自己的士兵，这种情况不利于国家的团结和稳定，随着土司的势力不断壮大，还出现过对抗明朝政府的危机。
在清朝前，土司制度还是存在的，康熙时期，依旧采用土司制度拉拢少数民族，在一定程度上稳固西南，起到一定的作用。
但土司制度依旧对清政府来说是一个隐患，吴三桂的叛乱，其中就有土司的支持，出兵的出兵，出钱的出钱，给康熙平定吴三桂带来很大的麻烦。
只是当时因为，台湾，噶尔丹，沙俄这三个方面的问题，对土司还是容忍它暂时地存在。
> 到了雍正时期，时机成熟了，便使用军队强行镇压的方式，直接实行改土归流，使得各族不再拥有特权。
设置府、厅、州、县四个等级，并派遣流官任职。
这虽然看起来血腥残忍，但也大大加快了各族融入到整个大集体中。
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